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縄文杉は，島に自生する最古，最大級の屋久杉とされていて，屋久杉を代表する古木として有名です。縄文杉を見るためには，徒歩で往復8～10時間程度かかります。現在は樹木保護のため木の周りには立ち入ることはできません。　1966年，屋久町役場（当時）の観光課長だった岩川貞次氏により発見されたと広く紹介される。発見当初は「大岩杉」と呼ばれていた。「縄文杉」という名前の由来は，当時推定された樹齢が4，000年以上で縄文時代から生きている事から来たという説と，奔放にうねる幹や根の形状が縄文土器に似ているからという説が2通りあります。　幹周の大きさ，樹木周囲の年輪測定などから当初は，樹齢7，000年以上と推定され話題となった。しかし，調査によって倒木更新，古木の周囲を3本程度の若い木が融合して包み込んでいる合体木である可能性が浮上し，外側の若い木の部分の年代測定では樹齢約2，700年と判定された（芯部の古木は樹体保護のため未調査）。ただし，鹿児島大学農学部が縄文杉の成分を遺伝子DNAや遺伝子マーカーにより調査した結果，縄文杉は合体木ではなく一つの木であることが証明されている。　また約7，300年前に鬼界カルデラから広がった幸屋火砕流によって，屋久島を含む九州南部諸島の大型植物は全滅したと伝えられており，縄文杉の樹齢は古くとも4，000年以上はさかのぼらないとするのが定説とされている。一方で，後代に持ち込まれた記録の無いヤクシマザルなどの大型動物が現存していることから，島全体が火砕流に飲み込まれたのではなく一部の動植物は生存したという意見もある。